Nước dưới đất thường được coi là sạch, không bị ô nhiễm. Tuy nhiên nếu không để ý đến bảo vệ nguồn nước thì sẽ dẫn đến ô nhiễm, không sử dụng được nữa.

Tại vùng đồi núi, nơi có độ chênh cao dẫn đến nước mưa thấm qua các tầng đất đá và có tạo được dòng thấm hay chảy ngầm, thì sự luân chuyển nước đảm bảo được nước dưới đất là sạch cho các khai thác nhỏ của hộ gia đình hay cụm dân cư.

Tại vùng đồng bằng thì sau hàng chục năm du nhập lối sống công nghiệp, chất thải ở các bể phốt của nhà vệ sinh ngấm ra các tầng nước đã dẫn đến ô nhiễm nặng amoni đến độ sâu 20 m, làm cho nước từ giếng đào hay khoan nông không còn sạch nữa. Theo đánh giá năm 2011 của Trung tâm Quan trắc và dự báo tài nguyên nước, Bộ TN&MT, dựa trên quan trắc ở khu vực đồng bằng Bắc Bộ, Nam Bộ và Tây Nguyên, cho thấy "mực nước ngầm đang sụt giảm mạnh, chất lượng nước ở nhiều nơi không đạt tiêu chuẩn" và "7/7 mẫu đều có hàm lượng amoni cao", có nơi "hàm lượng amoni lên đến 23,30mg/l, gấp 233 lần tiêu chuẩn cho phép".[5]. Các làng nghề hiện đang bị ô nhiễm cả nước mặt và nước ngầm, dẫn đến phải cấp nước từ nguồn xa y như tại các thành phố.

Nguy cơ ô nhiễm và cạn kiệt nguồn nước tại các vùng ven biển và hải đảo hiện tại không được quan tâm đúng mức. Tại vùng này, đặc biệt là các đảo Trường Sa, Song Tử Tây,... thì nguồn nước ngầm có được là do nước mưa ngấm xuống cát tích tụ lại thành ổ, qua hàng chục ngàn năm mà có được ổ lớn. Ở đâu đó rìa biển là ranh giới nước ngầm ngọt với nước mặn của biển, nếu khai thác mà không bổ sung bằng nước mưa thì ranh giới với nước mặn sẽ tiến dần vào đảo và nước ngọt có thể hết. Nguy cơ này do con người gây ra, hiện có hai dạng:

• Không quan tâm đến cách giữ nước mưa để nước ngấm xuống cát. Các sân xi măng rộng lớn và đúc liền thuận tiện cho sinh hoạt, nhưng không có khe để nước thấm. Quanh đảo không có gờ giữ nước mưa.
• Không bố trí các nhà vệ sinh phù hợp để chất thải từ đó gây ô nhiễm nước ngầm.

Xử lý ô nhiễm nước dưới đất hiện còn là việc bất khả thi, vì thế việc bảo vệ trước là hành vi khôn ngoan cần có.